
En 1996, à Tokyo, Naoki rejoind le groupe de resistance appelé les Partisans et essait de lutter contre l'invasion des démons sur son sol natal. Très vite, le groupe est disloqué et Naoki se retrouve en compagnie d'une fameuse fille, s'équippera du Devil Summoning Program et commencera a partir à la recherche de ses anciens compagnons. Le jeu est bien plus scénarisé que Majin Tensei 1 et c'était la moindre des choses à faire. ainsi le scénario plutôt original vous entrainera dans diverses failles temporelles créés par le System Dio et vous enverra a différentes époques plus ou moins éloignées dans le temps.